大学院で

大学院では本当は脳の仕組みを研究しようと考えていたのですが、明らかに準備不足でした。

いろんな研究があるのですが、全ては先人の積み重ねの上に何か貢献できるかどうかというのが基本です。私の場合、やりたい事と出来ることのギャップが大きすぎました。ということで、大学院に進んでからしばらく何をしたらいいのか、何が出来るのかがわからない時期が何ヶ月かありました。

そういう中で研究室の先輩から遺伝子の研究をしないかと持ちかけられました。いざやってみるとなかなか興味深い研究分野です。実際に扱ったデータはDNAマイクロアレイという、細胞内でどの遺伝子が働いているかをみる手法ですが、そのデータをどう解析するかは相当の自由度がありました。

このデータ解析に、最初は自分の得意のWindowsのプログラムを組んで自分で解析しました。これはこれでうまくいきましたが、プログラムの改訂のたびに解析をやり直さねばならないことなど、研究には不都合なことが多いので結局統計ソフトのRというのでなにもかもやるようなことになりました。

いまではbioconductorというソフトで色んなことが出来るようになっています。

大学院に入って、最初にあてがわれたパソコンは800MHz位で動くPenIIIマシンだったように覚えています。ラボには4CPUのAlphaマシンもありましたが、ラボの他の皆様に迷惑を掛けたくないこともありあまり使いませんでした。10000の遺伝子の2次相関を計算するとなると、10000×10000=100Mの組み合わせになりますが、相関を実数にすると800MBになるわけです。メインメモリ1GBのマシンだとなんとか使える感じになります。

このころ使っていたマシンは、今考えるとiPhoneとほぼ変わらないレベルのものでした。大学院は3年間だけでしたが、いろんな経験ができました。大学院を終えたあとは、結局通常の業務に戻ることになりました。

広告

コメントを残す

以下に詳細を記入するか、アイコンをクリックしてログインしてください。

WordPress.com ロゴ

WordPress.com アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

Twitter 画像

Twitter アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

Facebook の写真

Facebook アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

Google+ フォト

Google+ アカウントを使ってコメントしています。 ログアウト / 変更 )

%s と連携中